El martes 9 de agosto de 1994 el senador Manuel Cepeda Vargas se dirigía hacia su despacho cuando fue interceptado por sicarios que dispararon contra él en repetidas ocasiones. Antes de su asesinato había recibido constantes amenazas de muerte.
Manuel Cepeda militó desde corta edad en la Juventud Comunista Colombiana , después se convertiría en uno de los más destacados líderes del Partido Comunista Colombiano. Al momento de su magnicidio se desempeñaba como senador de la Unión Patriótica (UP).
Sus amigos y conocidos cercanos resaltan que Manuel era, ante todo, un humanista. Cepeda Vargas, además de líder político, fue director y periodista del Semanario Voz, escribía poemas y también dibujaba. Era un artista, un luchador por los anhelos del pueblo y un trabajador por la paz con justicia social para Colombia, además de un padre amoroso con sus hijos.
Este hecho fue reconocido como crimen de lesa humanidad y el Estado colombiano fue condenado ante la Corte Interamericana de Derechos Humanos.
En el año 1999, los sargentos del ejército Hernando Medina Camacho y Justo Gilberto Zúñiga Labrador fueron condenados a 43 años de prisión, como coautores del asesinato del senador Manuel Cepeda. En la sentencia condenatoria de la Corte Interamericana de Derechos Humanos, este tribunal concluyó que la condena contra los agentes fue disminuida varias veces y ellos siguieron delinquiendo desde su sitio de reclusión.
En el lapso de los primeros 10 años del crimen, fueron casi nulos los avances en el caso y sólo hasta 2009 se produjo la sindicación de otro de los autores materiales del magnicidio: Edilson Jiménez Ramírez, alias ‘El Ñato’. Las últimas actuaciones del caso fueron en abril del 2013 cuando se sometió a sentencia anticipada a Jesús Emiro Pereira Rivera, concuñado de Carlos Castaño, cómplice del delito de Homicidio. Posteriormente, El 15 de mayo pasado, la Corte Suprema de Justicia dejó en firme el fallo penal contra el sargento Gil Zúñiga, y el 26 de mayo la Fiscalía reconoció el hecho como crimen de lesa humanidad.
A pesar de estos avances, en el largo camino en la búsqueda de la justicia y la verdad, aún no se ha logrado establecer toda la cadena de mando que ordenó, planeó y ejecutó el crimen contra el Senador Manuel Cepeda. Los miembros del ejército condenados no actuaron solos, sino como parte de una estructura criminal dentro del Estado que no se ha identificado, y de la cual Narváez es sólo una pieza del engranaje. Determinar toda su composición es fundamental para el desmonte de esta clase de estructuras y la no repetición de los crímenes.
El magnicidio del Senador Manuel Cepeda ocurrió en el contexto del genocidio por motivos políticos contra la Unión Patriótica, partido político surgido de los acuerdos entre las Farc y el gobierno de Belisario Betancourt. La Unión Patriótica agrupó a las más diversas fuerzas políticas del país que respaldaban el proceso de paz y el programa de transformaciones democráticas y sociales del naciente movimiento político. Más de seis mil militantes de la UP fueron asesinados. Entre las víctimas estuvieron 2 candidatos presidenciales, 8 congresistas, 70 concejales, 13 diputados y 11 alcaldes municipales.